퇴사 후 연말정산은 어떻게 할까｜중도퇴사자 환급·종합소득세 신고 방법

 

기준일: 2026년 7월 15일

최종 수정일: 2026년 7월 15일

 

 

안녕하세요. 생활정보연구소입니다.

 

회사를 다니다가 연도 중간에 퇴사하면 “연말정산은 다음 해에 직접 해야 하나?”, “회사에서 이미 정산했다는데 끝난 건가?”, “놓친 공제는 다시 받을 수 있을까?”라는 궁금증이 생길 수 있습니다.

중도퇴사자는 일반적인 직장인처럼 다음 해 2월에 전 직장에서 연말정산을 하는 것이 아니라, 원칙적으로 퇴직하는 달의 마지막 급여를 받을 때 회사가 중도퇴사자 연말정산을 진행합니다. 다만 퇴사 당시 의료비·교육비·월세액 등 공제자료를 충분히 반영하지 못했다면 같은 해 재취업 여부에 따라 새 회사 연말정산 또는 다음 해 종합소득세 신고를 통해 다시 정산할 수 있습니다. (국세청)

 

이번 글에서는 퇴사 후 연말정산 처리 방법과 재취업 여부에 따른 신고 절차, 근로소득 원천징수영수증 확인 방법, 추가 환급을 받기 위해 준비할 자료를 정리해보겠습니다.

 

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📌 핵심요약

• 중도퇴사자는 퇴직하는 달의 급여를 받을 때 전 직장에서 연말정산이 진행됩니다.
• 같은 해 재취업했다면 새 회사에 전 직장 근로소득 원천징수영수증을 제출해 합산 정산합니다.
• 연말까지 재취업하지 않았다면 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 빠진 공제를 추가할 수 있습니다.
• 전·현 직장 소득을 합산하지 않았다면 근로자가 직접 종합소득세 확정신고를 해야 할 수 있습니다.
• 보험료·의료비·교육비 등은 원칙적으로 근로를 제공한 기간에 지출한 금액만 공제 대상이 됩니다.
• 신고 결과에 따라 환급받을 수도 있지만, 소득 합산으로 추가 세금이 발생할 수도 있습니다.
• 퇴직금은 근로소득 연말정산과 별도로 퇴직소득세가 정산됩니다.

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중도퇴사자도 퇴사할 때 연말정산을 합니다

계속 근무하는 직장인은 일반적으로 다음 해 2월 급여를 받을 때 전년도 근로소득에 대한 연말정산을 진행합니다.

반면 연도 중간에 회사를 그만두는 중도퇴사자는 퇴직하는 달의 근로소득을 지급받을 때 회사가 그해 1월부터 퇴직일까지 받은 근로소득을 기준으로 연말정산합니다. 회사는 확정된 세액에서 이미 월급을 지급하며 원천징수한 소득세를 빼고, 차액을 마지막 급여에 반영합니다. (국세청)

구분	연말정산 시기
계속 근로자	다음 해 2월분 급여 지급 시
중도퇴사자	퇴직하는 달의 급여 지급 시
같은 해 재취업자	새 직장에서 전·현 직장 소득 합산
연말까지 미취업자	다음 해 5월 종합소득세 신고로 추가 공제 가능

 

따라서 퇴사했다고 해서 연말정산이 전혀 이루어지지 않는 것은 아닙니다.

다만 퇴사 시점에는 한 해가 끝나지 않아 연간 의료비나 신용카드 사용액, 월세액, 기부금 등 최종 공제금액이 확정되지 않았을 수 있습니다. 퇴사할 때 필요한 자료를 제출하지 않았다면 일부 소득·세액공제가 반영되지 않은 상태로 정산될 수 있습니다.

 

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퇴사할 때 환급받았다면 연말정산이 완전히 끝난 걸까

퇴사할 때 마지막 급여에 소득세 환급액이 포함됐더라도 반드시 모든 공제가 반영됐다는 의미는 아닙니다.

연말정산은 연간 근로소득에서 인적공제와 연금보험료공제, 특별소득공제, 세액공제 등을 반영해 결정세액을 계산한 뒤 이미 납부한 세금을 비교하는 절차입니다. 공제자료가 빠졌다면 실제로 내야 할 세금보다 많이 납부했을 가능성이 있고, 반대로 여러 직장의 소득이 합산되지 않았다면 추가로 납부할 세금이 생길 수도 있습니다. (국세청)

정산 결과	의미
환급	이미 낸 세금이 결정세액보다 많음
추가 납부	이미 낸 세금이 결정세액보다 적음
세액 없음	기납부세액과 결정세액이 같거나 결정세액이 없음

 

중도퇴사자는 퇴사 당시 발급받은 근로소득 원천징수영수증의 결정세액과 차감징수세액을 확인하는 것이 좋습니다.

차감징수세액이 마이너스 금액이면 환급, 플러스 금액이면 추가 징수된 것으로 볼 수 있습니다.

 

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퇴사 후 같은 해에 재취업했다면

2026년에 회사를 그만둔 뒤 2026년 안에 다른 회사로 재취업했다면 새 회사에서 연말정산할 때 전 직장 소득까지 합산해야 합니다.

새 회사에 전 직장에서 발급받은 근로소득 원천징수영수증을 제출하면 새 회사가 전 직장과 현 직장의 근로소득 및 기납부세액을 합쳐 연말정산합니다. (국세청)

준비자료	확인 내용
전 직장 원천징수영수증	급여·상여·비과세소득·기납부세액
연말정산 간소화자료	의료비·교육비·보험료·카드 사용액 등
추가 증빙서류	월세·기부금·안경구입비 등 누락자료
부양가족 자료	기본공제 및 간소화자료 제공동의 여부

 

전 직장 원천징수영수증을 제출하지 않고 현 직장 소득만 연말정산하면 두 직장에서 받은 근로소득이 합산되지 않을 수 있습니다.

국세청은 전·현 직장 근로소득을 새 회사에서 합산하지 않은 경우 근로자가 직접 종합소득세 확정신고를 통해 소득을 합산해야 한다고 안내하고 있습니다. (국세청)

 

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연말까지 재취업하지 않았다면

퇴사한 해 12월 31일까지 재취업하지 않았다면 전 직장에서 퇴사 시 진행한 중도퇴사자 연말정산이 기본 정산이 됩니다.

하지만 당시 반영하지 못한 의료비·교육비·보험료·월세액 등의 공제자료가 있다면 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 추가 공제를 신청할 수 있습니다.

예를 들어 2026년에 퇴사하고 연말까지 재취업하지 않았다면 원칙적으로 2027년 5월 종합소득세 신고 기간에 2026년 귀속 근로소득을 다시 신고하면 됩니다. 구체적인 신고기간과 운영 일정은 2027년 국세청 안내를 다시 확인해야 합니다. 홈택스는 근로소득만 있으면서 연말정산 추가공제를 신청하는 사람을 위한 근로소득 신고 메뉴를 운영하고 있습니다. (국세청 모바일)

상황	처리 방법
퇴사 후 연말까지 미취업	다음 해 5월 추가 공제 신고
같은 해 재취업	새 직장에서 전·현 직장 합산
재취업했지만 전 직장 소득 미합산	다음 해 5월 직접 합산 신고
근로소득 외 사업·기타소득 발생	소득 종류를 함께 확인해 종합소득세 신고

 

종합소득세 신고를 한다고 무조건 환급되는 것은 아닙니다.

누락된 공제로 결정세액이 줄어들면 환급받을 수 있지만, 여러 근무처 소득이나 다른 종합소득을 합산하면서 세율 구간이 달라지면 추가 납부가 발생할 수도 있습니다.

 

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퇴사할 때 꼭 받아야 하는 원천징수영수증

근로소득 원천징수영수증은 전 직장에서 받은 총급여와 비과세소득, 기납부세액, 중도퇴사 연말정산 결과가 적힌 중요한 서류입니다.

같은 해 재취업한 경우 새 회사 연말정산에 필요하고, 미취업 상태라면 다음 해 종합소득세 신고 때 소득과 납부세액을 확인하는 자료로 사용할 수 있습니다.

원천징수영수증은 전 회사의 급여 담당자에게 요청할 수 있습니다.

회사가 지급명세서를 국세청에 제출한 뒤에는 홈택스나 손택스의 지급명세서 제출내역에서도 확인할 수 있습니다. 국세청은 중도퇴사자 지급명세서를 홈택스에서 상시 제출할 수 있도록 운영하고 있습니다. (국세청 모바일)

확인 항목	의미
근무기간	실제 입사일과 퇴사일
총급여	과세 대상 급여와 상여
비과세소득	식대 등 비과세 처리 금액
결정세액	해당 근로소득에 최종 확정된 소득세
기납부세액	월급에서 미리 원천징수한 세금
차감징수세액	추가 납부 또는 환급 결과

 

회사에서 받은 서류와 홈택스 조회 금액이 다르거나 전 직장 지급명세서가 조회되지 않는다면 전 회사 또는 국세상담센터에 확인하는 것이 좋습니다.

 

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근무기간에 지출한 금액만 공제되는 항목이 있습니다

중도퇴사자의 연말정산에서 가장 주의할 부분은 공제 대상 기간입니다.

보험료·의료비·교육비 등 기부금을 제외한 특별세액공제 항목은 원칙적으로 근로를 제공한 기간에 지출한 비용만 공제받을 수 있습니다. 국세청도 중도입사자와 중도퇴사자는 홈택스 간소화자료를 조회할 때 근무기간에 해당하는 월을 선택하도록 안내하고 있습니다. (국세청)

예를 들어 2026년 1월부터 6월까지 근무하고 6월 말에 퇴사했다면, 근무기간 적용을 받는 공제항목은 원칙적으로 1월부터 6월 사이 지출액을 기준으로 확인해야 합니다.

공제항목	중도퇴사자 확인사항
보장성보험료	근로기간 중 납부액 확인
의료비	근로기간 중 지출액 확인
교육비	근로기간 중 지출액 확인
신용카드 등 사용액	근무기간 적용 여부와 월별자료 확인
월세액	근로기간·계약·전입신고 등 요건 확인
기부금	다른 특별세액공제와 적용기준이 다를 수 있음

 

홈택스 간소화자료에 1월부터 12월까지 전체 금액이 조회되더라도 무조건 전액을 입력하면 안 됩니다.

근무하지 않은 기간의 자료까지 포함해 과다공제를 받으면 추후 세금과 가산세가 부과될 수 있으므로 월별 자료를 구분해 확인해야 합니다. (국세청)

 

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퇴사 후 월세를 계속 냈다면 전액 공제받을 수 있을까

월세액 세액공제도 근로소득자에게 적용되는 공제이므로 중도퇴사자는 실제 근로기간과 공제요건을 함께 확인해야 합니다.

퇴사 후 소득이 없는 기간에 납부한 월세까지 단순히 연간 합계로 전부 입력하기보다는 근무기간 중 납부액과 총급여·무주택·임대차계약·전입신고 등 해당 연도의 법정요건을 기준으로 판단해야 합니다.

특히 티스토리 생활정보연구소 121번 글에서 월세 세액공제의 대상 조건과 필요서류, 집주인 동의 여부를 별도로 정리해두었으므로 함께 확인하면 좋습니다.

 

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홈택스에서 종합소득세 신고하는 흐름

근로소득만 있고 중도퇴사 연말정산에서 빠진 공제를 추가하려는 경우에는 다음 해 5월 홈택스에서 근로소득 신고 메뉴를 이용할 수 있습니다.

홈택스 화면과 메뉴 이름은 신고연도에 따라 바뀔 수 있지만 기본 흐름은 다음과 같습니다. 홈택스는 2개 이상의 회사를 다녔거나 직장에서 연말정산하지 않은 사람, 연말정산 추가공제를 신청하는 근로소득자를 위한 신고화면을 제공합니다. (국세청 모바일)

• 홈택스 로그인
• 종합소득세 신고 메뉴 선택
• 근로소득자 신고 또는 안내받은 신고유형 선택
• 전 직장 근로소득 지급명세서 불러오기
• 총급여와 기납부세액 확인
• 인적공제와 소득·세액공제 입력
• 연말정산 간소화자료 및 추가 증빙 확인
• 환급 또는 납부세액 확인
• 신고서 제출
• 개인지방소득세 신고 화면으로 이동

종합소득세 신고를 완료한 뒤에는 개인지방소득세 신고도 별도로 완료해야 합니다.

국세청은 홈택스 신고 완료 후 위택스와 연계해 개인지방소득세를 신고할 수 있도록 안내하고 있습니다. (국세청)

 

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종합소득세 신고 전 준비할 서류

신고 전에는 다음 자료를 미리 준비해두면 좋습니다.

준비자료	사용 목적
근로소득 원천징수영수증	소득·기납부세액 확인
연말정산 간소화자료	보험료·의료비·교육비 등 확인
주민등록등본	부양가족·세대주 여부 확인
임대차계약서	월세액 세액공제 확인
월세 이체내역	실제 납부액 증빙
기부금영수증	간소화에서 누락된 기부금
교육비·의료비 영수증	간소화 미조회 자료
환급계좌	환급금 수령
전·현 직장 지급명세서	여러 직장 소득 합산

 

간소화서비스에서 조회되지 않는다고 해서 공제 대상이 아닌 것은 아닙니다.

공제요건을 충족하고 적격증빙을 갖춘 경우에는 해당 기관에서 영수증을 발급받아 직접 입력하거나 증빙자료를 제출할 수 있습니다.

 

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퇴사 후 프리랜서 일을 했다면

퇴사 후 3.3%를 원천징수하는 프리랜서 소득이나 개인사업 소득이 발생했다면 근로소득만 신고하는 경우와 처리 방식이 달라질 수 있습니다.

근로소득과 사업소득·기타소득 등이 함께 있다면 홈택스에서 안내하는 신고유형에 따라 해당 소득을 합산해야 합니다. 홈택스는 근로·연금·기타소득과 사업소득이 함께 있는 경우 모두채움·단순경비율 또는 일반신고 화면을 안내하고 있습니다. (국세청 모바일)

예를 들어 다음 소득이 있다면 모두 확인해야 합니다.

• 회사에서 받은 근로소득
• 배달·대리운전·플랫폼 소득
• 강의료·원고료 등 기타소득
• 3.3%를 공제한 프리랜서 사업소득
• 개인사업자 사업소득
• 일정 기준을 넘는 금융소득
• 과세 대상 연금소득

근로소득만 있다고 생각했는데 지급명세서에 사업소득이 등록돼 있는 경우도 있으므로 신고 전 홈택스 지급명세서와 신고도움자료를 확인하는 것이 좋습니다.

 

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퇴직금도 연말정산에 합산해야 할까

퇴직금은 일반 월급과 같은 근로소득이 아니라 별도의 퇴직소득으로 구분됩니다.

회사는 퇴직금을 지급할 때 퇴직소득세를 원천징수하며, 일반적인 근로소득 연말정산과는 별도의 계산구조가 적용됩니다. (국세청)

따라서 근로소득 종합소득세 신고 화면에서 월급과 퇴직금을 단순히 합쳐 입력하는 방식은 아닙니다.

다만 퇴직금 중간정산 이력이나 여러 퇴직급여 합산, 원천징수 오류처럼 특별한 사정이 있다면 퇴직소득 원천징수영수증을 확인하고 국세청 또는 세무 전문가에게 문의하는 것이 안전합니다.

 

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추가 환급이 발생할 가능성이 높은 경우

다음과 같은 경우에는 중도퇴사 당시 빠진 공제가 있는지 확인해볼 필요가 있습니다.

• 퇴사할 때 연말정산 서류를 전혀 제출하지 않은 경우
• 본인이나 부양가족의 의료비 지출이 큰 경우
• 자녀 교육비를 납부한 경우
• 월세액 세액공제 요건을 충족한 경우
• 연금저축이나 퇴직연금계좌에 납입한 경우
• 기부금을 납부한 경우
• 장애인·경로우대·한부모 등 추가공제가 누락된 경우
• 전 직장 원천징수영수증의 결정세액이 남아 있는 경우
• 중소기업 취업자 소득세 감면이 누락된 경우

다만 공제를 추가한다고 항상 현금 환급이 발생하는 것은 아닙니다.

중도퇴사 연말정산 당시 결정세액이 이미 0원이라면 추가 공제를 입력해도 더 돌려받을 소득세가 없을 수 있습니다. 연말정산 환급은 납부한 세금 범위와 최종 결정세액을 비교해 계산됩니다. (국세청)

 

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추가 납부가 발생할 수 있는 경우

환급만 생각하고 신고했다가 오히려 추가 세금이 나올 수도 있습니다.

대표적으로 같은 해 두 곳 이상에서 근무했지만 전·현 직장 소득을 합산하지 않은 경우입니다. 각 회사는 자신이 지급한 급여만 기준으로 세금을 계산했기 때문에, 전체 소득을 합치면 과세표준과 최종 세액이 커질 수 있습니다.

또한 다음과 같은 경우 추가 납부 가능성을 확인해야 합니다.

• 전·현 직장 근로소득을 합산하지 않은 경우
• 퇴사 후 프리랜서나 사업소득이 발생한 경우
• 같은 부양가족을 가족 두 명이 중복 공제한 경우
• 근무하지 않은 기간의 비용까지 과다공제한 경우
• 소득요건을 넘는 부양가족을 공제한 경우
• 실손보험금 등으로 보전받은 의료비까지 공제한 경우

따라서 신고 전에는 환급예상액만 보지 말고 소득과 공제자료가 정확하게 입력됐는지 확인해야 합니다.

 

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중도퇴사자 상황별 정리

상황	해야 할 일
퇴사 후 같은 해 재취업	전 직장 원천징수영수증을 새 회사에 제출
같은 해 재취업했지만 소득 미합산	다음 해 5월 종합소득세 신고
연말까지 재취업하지 않음	빠진 공제가 있다면 다음 해 5월 신고
퇴사 후 프리랜서 소득 발생	근로소득과 사업·기타소득 합산 확인
전 회사 서류를 받지 못함	회사 요청 또는 홈택스 지급명세서 조회
신고기한을 놓침	홈택스 기한 후 신고 가능 여부 확인
계산이 복잡함	국세상담센터 126 또는 세무서 문의

 

 

 

공식 확인 사이트

국세청 연말정산 종합 안내
중도퇴사자 연말정산과 공제항목, 지급명세서 관련 자료를 확인할 수 있습니다. (국세청)

홈택스 종합소득세 신고
근로소득 추가공제 신청과 여러 근무처 소득 합산 신고를 진행할 수 있습니다. (국세청 모바일)

국세상담센터
국번 없이 126번으로 연말정산과 종합소득세 신고 상담을 받을 수 있습니다. (국세청)

 

 

 

퇴사할 때 회사에서 연말정산을 했다고 해서 모든 절차가 무조건 끝나는 것은 아닙니다.

같은 해 재취업했다면 새 회사에서 전 직장 소득을 합산해야 하고, 연말까지 재취업하지 않았다면 다음 해 5월 종합소득세 신고를 통해 퇴사 당시 빠진 공제를 반영할 수 있습니다.

특히 중도퇴사자는 공제항목별로 근무기간 중 지출액만 인정되는 경우가 있으므로 간소화자료 전체를 그대로 입력하지 않도록 주의해야 합니다.

퇴사할 때 근로소득 원천징수영수증을 받아 보관하고, 다음 해 신고 전에 홈택스 지급명세서와 연말정산 간소화자료를 함께 확인해보는 것이 중요합니다.

 

 

 

※ 이 글은 중도퇴사자의 연말정산 절차를 이해하기 위한 일반적인 정보입니다. 개인의 소득 종류와 공제요건에 따라 신고 결과가 달라질 수 있으므로 복잡한 사례는 국세청 또는 세무 전문가에게 확인하는 것이 좋습니다.

 

 

 

 

 

 

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